En tant que prestataire d'inventaires de faune, l'OPIE a pérennisé ses observations en établissant des bases de données naturalistes.A présent deux bases de données sont opérationnelles à l'OPIE.

• Le catalogue permanent des Coléoptères d'Ile-de-France, dressé à partir des observations effectuées par les entomologistes de l'OPIE lors de divers inventaires entomologiques en Région Ile-de-France, ou à partir des identifications effectuées par l'OPIE sur des collectes extérieures (ONF en particulier).
• Un atlas bibliographique des Lépidoptères de France, obtenu après compilation de la littérature lépidoptérologique française : Revue française de lépidoptérologie, l'Amateur de papillons et Alexanor.

Ces bases ont par ailleurs été intégrées à l'Inventaire national du patrimoine naturel, géré par le Muséum national d'histoire naturelle.